|必读|专家呼吁:迫切需要将全基因组测序引入儿童癌症诊疗

点击量:0

圣裘德儿童研究医院的科研团队

欢迎个人在朋友圈转发分享

如需平台转载,请后台联系授权

<>近日刊发最新研究:圣裘德儿童研究医院的科学家重新定义了精确医学时代儿童癌症诊断的[金标准],呼吁将全基因组测序引入儿童癌症的早期诊疗

<>近日刊发了一项最新研究成果:圣裘德儿童研究医院的专家们重新定义了精确医学时代儿童癌症患者诊断的[金标准],认为迫切需要将全基因组测序引入儿科癌症早期临检和诊疗中。对每位前来就诊的新发儿科癌症患者采用相同的基因检测方法。

在最新一项蔚蓝网研究中,研究人员将全基因组测序纳入临床基因组检测项目时,发现近一半患者被检出了额外的致癌突变。这些突变大部分无法通过外显子组测序和转录组(RNA)测序验证。

这项研究对象包括78名患有各种癌症的儿童和青少年,他们在圣裘德儿童研究医院就诊时接受了全面的辅助诊断检查。

这项研究为临床基因组检测奠定了基础,相同检查项目已提供给圣裘德的每一个新发癌症患儿。这项工作包括开发一个临床分析流程,便于及时分析、验证和确定具有重要临床意义的结果。

詹姆斯·唐宁博士指出:这项研究为临床基因组检测提供了一个全新的[金标准],并强调迫切需要将全基因组测序引入儿科癌症患者临检和诊疗中。

全基因组测序可提供构成人类基因组DNA 30亿个碱基的确切顺序。全基因组测序提供了对患者正常基因组和癌症基因组之间存在差异的全面评估,但该方法并没有广泛应用于临床,部分原因是因为测试成本过高,且周期太长。

目前,下一代测序(NGS)在临床检测应用较广泛的是对整个外显子组和转录组(也称为RNAseq)的检测和分析。外显子组是基因组中的蛋白编码区,只占整个基因组的1%~2%。转录组为表达的基因。

研究成果

该研究将患者肿瘤组织的全基因组和全外显子组测序结果进行整合,同时将正常基因组DNA与肿瘤转录组的检测结果进行整合,将两种整合后的结果与外显子组和转录组测序结果进行比较。整个检测过程均在CLIA和CAP双认证的圣裘德儿童研究医院重临床诊断实验室完成。

在47%的患者中,包含全基因组测序的临床检测中检出了多个已知或疑似致癌突变,但在全外显子组测序或转录组测序中没有检测到这些突变。

目前三种主流NGS技术进行全基因组测序,可检测到99%的已知或疑似致癌突变,若仅采用外显子组和转录组测序,只检出了78%的突变。

研究人员认为这项研究成果充分体现了全基因组测序的价值,至少对儿童癌症来说意义重大。

癌症基因组的变化差异很大。癌症突变包括遗传密码中的单一碱基变化(点突变),由染色体重排和DNA片段的插入或缺失引起的结构变化。

研究人员认为:不同的测序方法应用范围各不相同,全基因组测序是发现某些类型突变的最佳方法,这些突变在儿童癌症中十分常见。因此在分析中整合全基因组测序结果,发现高风险突变也不足为奇,全外显子组测序或转录组测序则不一定会有相同的发现。

研究人员希望联合测序方法能为儿童癌症治疗决策的提供参考依据,同时也能为发现罕见儿童癌症基因奠定基础。

这项研究建立在圣裘德-华盛顿大学儿童癌症基因组计划的基础上。2010年启动的儿童癌症基因组计划(Pediatric Cancer Genome Project)对800多名年轻患者的正常细胞和癌症细胞进行了基因组测序,这些患者都患有一些最罕见且最具侵袭性的恶性肿瘤。

该项目在许多癌症领域都取得了突破性的进展,同时也促进了基因组测序分析算法的改进。

在这项研究中,研究人员开发了一个分析流程来检测、比较和验证在全基因组、外显子组和转录组测序中发现的肿瘤和胚系DNA变异。确定潜在或疑似致病变异。

基因变异排列顺序和临床重要性由生物信息学、遗传和临床专业知识的专家委员会进行审查和确定,然后将研究结果报告给临床医生,并写入患者的医疗记录。

如今,该分析流程平均可在31天内提供报告结果。这与肿瘤外显子组测序或类似的基因组检测结果反馈时间接近。自2013年这项研究开展以来,每位患者的全基因组、外显子组和转录组测序和存储数据的成本已逐年下降。

该研究中的临床分析流程整合和验证了不同测序平台收集到的基因组变异。在三个测序平台上进行验证,提高了结果的准确性和灵敏度。]

本研究中使用的测序数据,无论是原始数据还是处理后的数据,已全部开放给全世界的研究人员使用,可通过圣裘德云存储的数据端口进行下载。圣裘德大学的研究人员希望这项技术能推动未来的研究与开发,包括全基因组测序的临床应用。

报名参会等详情,请查看[阅读原文]

未经允许不得转载:蔚蓝资讯网 » |必读|专家呼吁:迫切需要将全基因组测序引入儿童癌症诊疗

赞 (0) 打赏

评论 0

  • 昵称 (必填)
  • 邮箱 (必填)
  • 网址

觉得文章有用就打赏一下文章作者

支付宝扫一扫打赏

微信扫一扫打赏